內(nèi)凝集素(Intelectin)基因家族的進(jìn)化研究.pdf

1、Intelectin是近年發(fā)現(xiàn)的一種新型凝集素。哺乳動(dòng)物的Intelectin在鈣離子存在的情況下可以識(shí)別細(xì)菌細(xì)胞壁中含呋喃環(huán)的半乳糖，從而在先天免疫系統(tǒng)中發(fā)揮作用。目前在文昌魚和鮭魚中發(fā)現(xiàn)Intelectin可以直接凝集細(xì)菌，但其功能機(jī)制不清楚。Intelectin功能在不同物種的差異性暗示了Intelectin基因家族的起源、進(jìn)化過程研究的必要性。
　　 為了探索Intelectin基因家族的起源和進(jìn)化機(jī)制，我們?cè)贜atio

2、nalCenterforBiotechnologyInformation(NCBI)、DOEJonitGenomeInstitution(JGI)等數(shù)據(jù)庫中檢索了代表性物種的Intelectin，并對(duì)其氨基酸序列進(jìn)行了同源序列比對(duì)、進(jìn)化樹分析、motif預(yù)測(cè)、信號(hào)肽預(yù)測(cè)、等電點(diǎn)、N-糖基化預(yù)測(cè)等生物信息學(xué)分析。氨基酸同源序列比對(duì)顯示Intelectin基因家族在各物種中高度保守;通過結(jié)構(gòu)域的預(yù)測(cè)分析，我們只在N-末端發(fā)現(xiàn)了FReD結(jié)構(gòu)域

3、，而保守的C末端序列卻不匹配ProteinDataBank(PDB)數(shù)據(jù)庫中已有的功能域。motif分析和基因組外顯子分析中，我們發(fā)現(xiàn)了一段在核酸和蛋白水平上皆保守的區(qū)域motif1，3，4，2，5，10，7，6。結(jié)合本實(shí)驗(yàn)的工作基礎(chǔ)和以上的結(jié)果，我們將Intelectin分為三部分結(jié)構(gòu)，并分別進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹分析。我們發(fā)現(xiàn)它們的進(jìn)化樹雖有差異，但總體的趨勢(shì)相似，暗示了這三部分在整體進(jìn)化的進(jìn)程上又有各自獨(dú)特的進(jìn)化。另外，我們對(duì)各物種氨基酸

4、一級(jí)序列進(jìn)行信號(hào)肽、糖基化、等電點(diǎn)的預(yù)測(cè)中，發(fā)現(xiàn)Intelectin在物種之間的差異較大，尤其是低等的脊索動(dòng)物和高等脊椎動(dòng)物，暗示了Intelectin基因家族在早期功能的多樣性。之后我們對(duì)具有多拷貝Intelectin的物種進(jìn)行了進(jìn)化樹分析，發(fā)現(xiàn)在這些物種中Intelectin都分為兩大支。由于本實(shí)驗(yàn)室已得到文昌魚Amphi71469的克隆，我們嘗試克隆了另一分支上的序列Amphi86230，全長912bp，編碼302個(gè)氨基酸，并構(gòu)建