生物信息學(xué)中序列比對問題研究.pdf

1、隨著人類基因組計(jì)劃的完成，人類獲得了大量的原始生物數(shù)據(jù)，為了更好地分析、挖掘、再利用這些數(shù)據(jù)，以加快生命科學(xué)的發(fā)展步伐，越來越多的計(jì)算機(jī)技術(shù)被應(yīng)用到生物學(xué)研究中，從而形成了生物信息學(xué)這樣一門新型的交叉學(xué)科。其中，序列比對是生物信息學(xué)最基本的研究手段和方法之一。如何獲得比對質(zhì)量更好、運(yùn)算時(shí)間更短、運(yùn)算空間更少的序列比對算法和方便易用的比對分析程序是當(dāng)前生物信息學(xué)研究中的一個(gè)熱點(diǎn)和難點(diǎn)問題。 本文首先介紹了序列比對的相關(guān)概念和研究方

2、法，詳細(xì)地描述了什么是雙序列比對和多序列比對，研究了動(dòng)態(tài)規(guī)劃、Smith-Waterman、BLAST、FASTA及漸進(jìn)比對等經(jīng)典的雙序列比對、多序列比對算法。接著論文提出了一種基于片段對和動(dòng)態(tài)規(guī)劃的雙序列比對算法BSDP算法，在該算法中，遞歸地在長的子序列區(qū)使用字策略來快速尋找匹配程度高的片段對、在短的子序列區(qū)使用精確的動(dòng)態(tài)規(guī)劃算法來比對子序列以實(shí)現(xiàn)雙序列比對，該算法在一定程度上提高了序列比對的準(zhǔn)確性和速度。文章最后一部分針對目前大多