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文檔簡介
1、該文通過對現(xiàn)有的生物序列比對算法進行研究分析,提出了一種基于前綴計算的序列比對并行算法.這種算法采用數(shù)據劃分技術,利用高性能計算系統(tǒng),例如并行計算機或分布工作站網絡,有效的解決了超長序列比較引起的空間和時間問題.在此基礎上,對幾種經典的串行算法進行了改進,包括線性空位罰分和仿射空位罰分模型、全局比對和局部比對算法等.該文提出的并行算法在O(mn/p)時間內找到最優(yōu)比對,其中p是處理器數(shù).傳統(tǒng)的最優(yōu)的串行算法使用O(m+n)空間,O(mn
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