大前庭水管綜合征患者基因芯片法與DNA測序法基因診斷的對比研究.pdf

1、目的：為了研究大前庭水管綜合征(Enlarged vestibular aqueductsyndrome，EVAS)在中國人中的基因型和分子流行病學(xué)特點(diǎn)，我們應(yīng)用耳聾基因芯片聯(lián)合DNA測序法對30例大前庭水管綜合征患者進(jìn)行了相關(guān)基因SLC26A4、FOXI1的突變檢測，探討適合中國人大前庭水管綜合征患者的基因診斷策略。
　　 方法：采集30例EVAS患者和50例聽力檢測正常者的外周血，提取基因組DNA，用耳聾基因芯片檢測國人中S

2、LC26A4基因的2個(gè)熱點(diǎn)突變IVS7-2A>G和2168A>G。同時(shí)應(yīng)用DNA測序法對EVAS患者的SLC26A4基因7-8號外顯子和19號外顯子基因編碼區(qū)序列進(jìn)行檢測，以驗(yàn)證基因芯片檢測這兩個(gè)位點(diǎn)的準(zhǔn)確性。如檢測發(fā)現(xiàn)純合突變或復(fù)合雜合突變即停止篩查，如未發(fā)現(xiàn)突變或發(fā)現(xiàn)單純雜合突變則用DNA測序法篩查剩余外顯子，直至發(fā)現(xiàn)另一個(gè)突變或篩查完全部外顯子。同時(shí)對30例EVAS患者FOXI1的2個(gè)外顯子及相鄰的內(nèi)含子區(qū)域進(jìn)行突變檢測。采用DN

3、Astar軟件分析所有測序結(jié)果，判斷有無突變。
　　 結(jié)果：30例EVAS患者組中，基因芯片方法共檢出SLC26A4基因突變25例，檢出率為83.33％。正常人對照組發(fā)現(xiàn)一例IVS7-2A>G單雜合突變，EVAS患者組和正常人對照組的檢出率差異有顯著統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(X2檢驗(yàn)，P<0.01)?；蛐酒l(fā)現(xiàn)突變的行DNA測序進(jìn)行驗(yàn)證，符合率為100％。對未發(fā)現(xiàn)突變或發(fā)現(xiàn)單雜合突變的患者，聯(lián)合DNA測序法進(jìn)一步檢測，有28例患者檢測出了S

4、LC26A4基因突變，檢出率為93.33％。但基因芯片法檢出率與DNA測序法檢出率的差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(X2檢驗(yàn)，P>0.05)。我們共發(fā)現(xiàn)了16種突變類型，其中4種為新的突變類型(G368X，IVS8-1G>T，IVS13+9C>T和Q696X)。在所有的突變中，IVS7-2A>G突變的發(fā)生率最高，其次為H723R和T410M。對FOXI1基因檢測發(fā)現(xiàn)兩個(gè)多態(tài)：279G>A，1044T>C。
　　 結(jié)論：SLC26A4基因突變是

5、導(dǎo)致大前庭水管綜合征的主要原因，其中IVS7-2A>G突變的發(fā)生率最高，其次為H723R和T410M。耳聾基因芯片對大前庭水管綜合征患者SLC26A4基因的兩個(gè)熱點(diǎn)突變檢出率高，能夠適用于一般的基因篩查。但對基因芯片未發(fā)現(xiàn)這兩種突變或僅發(fā)現(xiàn)單個(gè)突變的仍有必要采用DNA測序法進(jìn)一步檢測。發(fā)現(xiàn)的4種新突變類型對大前庭水管綜合征的分子病因研究和基因診斷具有重要意義。本研究中只檢測到FOXI1的兩個(gè)多態(tài)，未發(fā)現(xiàn)有意義的突變，證明其在大前庭水管綜