四川省PCV2分離株全基因組序列的克隆與進化分析.pdf

1、豬圓環(huán)病毒Ⅱ型(Porcine circovirus type2，PCV2)是20世紀末期新發(fā)現的一種豬病病原。由于斷奶仔豬多系統衰竭綜合征(PMWS)、斷奶仔豬拉稀、斷奶仔豬和育肥豬的呼吸道疾病(PRDS)、幼齡仔豬A2型先天性震顫(CT)、增生性壞死性肺炎(PNP)和間質性肺炎(IP)、豬皮炎和腎炎綜合征(PDNS)以及懷孕母豬繁殖障礙(SAMS)等疾病均與PCV2的關系較為密切，因此這類疾病被統稱PCV2感染或豬圓環(huán)病毒病(PCV

2、D)或豬圓環(huán)病毒相關病(PCVAD)。自1991年PCV2被首次報道以來，該病毒已在世界許多國家和地區(qū)發(fā)生流行，造成了巨大的經濟損失，嚴重威脅著世界養(yǎng)豬業(yè)的健康發(fā)展。PCV2感染的防控研究一直是國內外的重要研究課題，為了解四川省豬群中PCV2的流行及遺傳變異情況，本研究根據GenBank公布的PCV2全基因組序列設計合成2對特異性引物，并對不同地方送檢樣品中分離到PCV2毒株的全基因組進行了擴增、純化回收、連接轉化、測序鑒定和序列分析。

3、本研究共從臨床病料中分離得到3株PCV2毒株（PCV22012S1株、PCV22012S2株和PCV22013S1株），核苷酸序列分析結果表明這3株PCV2基因組全長均為1767 bp;3株PCV2分離株的全基因組核苷酸同源性為99.5％-99.9％，差異性0.1％-0.5％，其中ORF1核苷酸同源性99.8％-99.9％，差異性0.1％-0.2％，ORF2核苷酸同源性分別為99.4％-100％，差異性分別為0％-0.6％;氨基酸序列比

4、對結果表明3株PCV2的ORF1氨基酸同源性為99.4％-99.9％，差異性為0.3％-0.6％，ORF2氨基酸同源性分別為99.6％，差異性為0;遺傳進化分析結果表明本研究中的3株PCV2與國內外其它45株參考毒株序列相比存在一定的變異，該3株PCV2四川分離株僅與國內早期分離的兩株PCV2和新加坡2007年分離的1株親緣關系較近，處在同一個分支，屬于較新的基因亞型PCV2c。本研究通過臨床樣品分離、鑒定、測序及分析等一系列方法對四川