凡納濱對(duì)蝦群體親緣關(guān)系鑒定及生長(zhǎng)性狀遺傳標(biāo)記篩選、優(yōu)化和驗(yàn)證.pdf

1、目前國(guó)內(nèi)的凡納濱對(duì)蝦親蝦主要來(lái)自于國(guó)外。我國(guó)是養(yǎng)殖凡納濱對(duì)蝦的大國(guó)，但因苗種品質(zhì)、養(yǎng)殖不當(dāng)、資金問(wèn)題等問(wèn)題，災(zāi)害頻發(fā)等因素，養(yǎng)殖效益虧損至今影響著我國(guó)凡納濱對(duì)蝦產(chǎn)業(yè)體系的健康發(fā)展。為了保護(hù)與開(kāi)發(fā)種質(zhì)資源，獲得具有優(yōu)良性狀的新品種。本文對(duì)子一代的群體進(jìn)行了遺傳背景分析，種質(zhì)資源鑒定，并對(duì)一些SSR進(jìn)行生長(zhǎng)相關(guān)性檢驗(yàn)，篩選了一些與生長(zhǎng)相關(guān)的EST-SSR標(biāo)記。并對(duì)部分分子標(biāo)記進(jìn)行了體重相關(guān)性檢驗(yàn)。
　　確定群體母系關(guān)系。通過(guò)對(duì)比不同個(gè)

2、體mtDNA控制區(qū)部分序列，獲得（VG2Z,VNZ,OSZ,NSZ）4個(gè)群體的母系遺傳關(guān)系,依最大似然法的遺傳距離比較不同母本間的變異與進(jìn)化。211條序列平均長(zhǎng)度604bp，共檢測(cè)到232個(gè)簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)。14個(gè)缺失。358個(gè)保守位點(diǎn).281個(gè)突變。232個(gè)點(diǎn)突變中，共檢測(cè)到14個(gè)缺失/插入，28轉(zhuǎn)換，36置換。一共檢測(cè)到14個(gè)單倍型，其中27個(gè)親本，共檢測(cè)到14個(gè)單倍型。子一代VG1Z84個(gè)樣本，共檢測(cè)到12個(gè)單倍型。親代群體單倍型多樣

3、性指數(shù)0.8950，核苷酸多樣性指數(shù)0.1100，平均核苷酸差異數(shù)K65.1。子一代群體單倍型多樣性指數(shù)0.7980，核苷酸多樣性指數(shù)0.1028，平均核苷酸差異數(shù)K60.6。最大似然法計(jì)算遺傳距離，親代（母方）群體內(nèi)遺傳距離0.156，子代群體內(nèi)遺傳距離0.134，兩代群體間遺傳距離0.144。比較親代（母方）與其子代的序列，親代（母方）的Hd、pi、k、PL值大于子一代。說(shuō)明F1群體的遺傳多樣性減小。27個(gè)親代（母方）中有5個(gè)親代（

4、母方）共3單倍型未在F1檢測(cè)到。子一代群體中檢測(cè)到1個(gè)新的單倍型Hap_8。Hap_8與Hap_7相比，發(fā)生了2個(gè)轉(zhuǎn)換和1個(gè)插入，該變異位點(diǎn)發(fā)生在非編碼區(qū)，發(fā)生了點(diǎn)突變的個(gè)體來(lái)自于OS群體的自交后代。輔以繁殖數(shù)據(jù)，一對(duì)一一共確認(rèn)了8個(gè)母本。
　　以11對(duì)微衛(wèi)星對(duì)子代9個(gè)群體的遺傳多樣性評(píng)價(jià)。11個(gè)SSR在9個(gè)子一代群體中共檢測(cè)到51個(gè)等位基因。等位基因數(shù)30~50，有效等位基因數(shù)Ne22.09~28.39，觀測(cè)雜合度Ho0.32~

5、0.60，期望雜合度He0.48~0.63。群體內(nèi)近交系數(shù)fis-0.2~0.37。雜交群體Shannon index指數(shù)0.94，小于自交群體1.13，由高到低依次順序?yàn)椋鹤越蝗后w＞親代群體＞雜交群體。與自交群體相比，雜交群體的多樣性并沒(méi)有提高。VNZ與G2Z群體固定指數(shù)F分別為-0.2，-0.08，為負(fù)值。其他群體為正值。顯示了G2Z和VNZ雜合子過(guò)量與總?cè)后w水平雜合子缺失的現(xiàn)狀。9個(gè)群體在11個(gè)SSR總體水平上的PIC范圍0.40

6、~0.59?？傮w呈中高度多態(tài)。總?cè)后w水平近交系數(shù)Fit由高到低順序?yàn)椋河H代群體＞雜交群體＞自交群體。親代群體Na與自交后代相比，OSZ，NSZ，G1Z，G2Z分別小于OSQ，NSQ，G1Q，G2Q群體，顯示親代群體一些稀有等位基因在子代中丟失。V101Z（Na）大于V101Q（Na），這可能發(fā)生了變異或多出的等位基因來(lái)源于父本。比較自交群體與親代群體Ne與He，結(jié)果表明自交群體與對(duì)應(yīng)親代群體的遺傳多樣性差異不明顯。以Nei's遺傳距離繪

7、制UPGMA進(jìn)化樹，結(jié)果表明：9個(gè)群體間的遺傳距離0.0685~0.6065。VNZ與OSZ遺傳距離最短，優(yōu)先合為一支。G2G1Z與VG2Z合為一支后與VG1Z、NSZ匯合，之后與VNZ和OSZ合為一支，與G1Z和G2Z融合，最后與V101Z融合。V101Z與其他8個(gè)群體的遺傳距離都相對(duì)較遠(yuǎn)。
　　將多態(tài)性良好的EST-SSR引物的基因型與凡納濱對(duì)蝦生長(zhǎng)性狀相關(guān)聯(lián)。采用一般線性模型與最小二乘關(guān)聯(lián)性分析，發(fā)現(xiàn)在VG2Z中，利用一般線

8、性模型和最小二乘方差分析，共獲得4個(gè)微衛(wèi)星與生長(zhǎng)性狀顯著相關(guān)。，其中V-16與飽滿度顯著性相關(guān)（P=0.10），LVE66F與體重極顯著性相關(guān)（P＜0.1）。V-6與LVE16F與體重顯著性相關(guān)（0.10＜P＜0.05）。其他標(biāo)記與體重和飽滿度無(wú)關(guān)。通過(guò)Duncan多重比對(duì)結(jié)果發(fā)現(xiàn)LVE16F、LVE70F、V-6各基因型在VG2Z中與體重不存在線性關(guān)系，LVE66F中BD基因型個(gè)體的體重顯著大于AB/BB/BF個(gè)體的體重。但在其他群體

9、中，LVE66F與體重和飽滿度相關(guān)性不顯著（P＞0.05）。用主體間效應(yīng)模型檢驗(yàn)12個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記與體重、飽滿度的相關(guān)性，確定LVE16F與LVE70F在4個(gè)群體中與體重或飽滿度顯著性相關(guān)（P＜0.05）。對(duì)LVE16F與LVE70F進(jìn)行duncan’s多重平均值分析結(jié)果表明：LVE16F、LVE70F各基因型在VG2Z中與體重不存在線性關(guān)系，在VNZ中，LVE70F的AB基因型的個(gè)體平均體重顯著大于AA基因型的個(gè)體。LVE16F的AA，

10、BB的個(gè)體的體重和飽滿度顯著大于CC,BC的個(gè)體，AA基因型的個(gè)體的體重和飽滿度顯著大于AB基因型的個(gè)體。LVE70F和LVE16F在VNZ中與體重和飽滿度存在明顯的線性關(guān)系。G2Z中，LVE70F，AB,BB個(gè)體體重顯著大于BC,CC。AA,AB,BB個(gè)體的體重顯著大于CC，CC基因型個(gè)體的飽滿度顯著小于AA,AB,BB個(gè)體的飽滿度。LVE16F，AC基因型的個(gè)體的體重顯著大于BC基因型體重。V101Z中，LVE70F，AB,BB,A