山東省豬瘟分子流行病學研究.pdf

1、本文采用RT-PCR技術對來自山東地區(qū)共7株豬瘟病毒進行E2基因的擴增、克隆和測序，得到長度為1092bp編碼364個氨基酸的目的基因片段，并分離鑒定了其中的5株流行毒株。 應用DNAStar序列分析軟件對所測定的7株豬瘟病毒E2基因與已知序列的HCLV、Shimen毒株的相應片段進行同源性分析比較。結果顯示，山東株與HCLV、Shimen株的核苷酸同源性分別為81.6％～82.3％和83.4％～84.2％，推定的氨基酸同源性分

2、別為87.9％～89.6％和89.3％～90.1％。山東毒株之間核苷酸和推導的氨基酸同源性分別為95.3％～99.7％和96.2％～99.2％。山東的7株病毒的E2蛋白的15個Cys位點沒變，可推測CSFVE2蛋白在抗原結構方面依然保持很高的穩(wěn)定性。在具有中和特性的B、C區(qū)域內(nèi)725位、729位、734位和738位氨基酸位點發(fā)生了變異，這些變異可能導致E2蛋白的抗原性發(fā)生改變。 將7株山東流行毒株與國內(nèi)外已發(fā)表的18株CSFV相

3、應序列進行比較，并建立遺傳進化樹。該遺傳樹主要分為兩大群，山東毒株皆屬于基因群Ⅱ，但我國的主要參考毒株HCLV、Shimen則屬于基因群Ⅰ，說明山東流行CSFV株與HCLV、Shimen有很大差異。 根據(jù)已發(fā)表的豬瘟病毒Shimen株、HCLV株和Paderborn株的全基因組序列，設計并合成11對引物，應用RT-PCR技術，成功地分11個片段擴增了CSFV山東流行毒株SDJN5的全基因組，并將這11個基因片段克隆到PMD18-

4、T載體上，測定其核苷酸序列。應用生物軟件VectorNT1Suite6將11個基因片段進行拼接，確認CSFVSDJN5株全基因組序列的長度為12298個核苷酸。將CSFVSDJN5株與國內(nèi)外已發(fā)表的Shimen、HCLV、39、Brescia、Eystrup、Glentorf、Alfort、Paderborn、CS、ALD、GPE-、LPC、CF114毒株進行全基因組序列和推定的氨基酸序列比較，結果顯示，核苷酸同源性分別為85.3％、8

5、4.5％、88.4％、85.7％、85.6％、85.3％、85.6％、95.2％、85.6％、85.6％、85.4％、84.2％、85.5％，推導的氨基酸序列同源性分別為92.6％、91.7％、94.2％、93.1％、92.9％、92.3％、93.0％、97.7％、92.6％、93.0％、92.6％、90.6％、92.8％。SDJN5與Shimen、HCLV的全基因組序列及推定的氨基酸序列相比有明顯變異，表明SDJN5與Shimen、H