基于生物醫(yī)學文本挖掘技術的天然產(chǎn)物的靶標蛋白預測.pdf

1、指導小組成員名單周水庚教授張淑芹畐1教授朱山風副教授摘要從天然產(chǎn)物或其衍十.物中尋找有顯著活性的先導小分化合物，是研制和開發(fā)新藥的重要途杼。這土耍閃為活性小分子與標靶蛋白的相互作用是生命中最基本的相互作用之一，也足生命有機化學及藥物化學研究的重耍內(nèi)容。受限于傳統(tǒng)生物實驗方法的低通量和高開誚，大然產(chǎn)物的標靶蛋G預測一直以來都是一個研究熱點。隨右對生物醫(yī)學究的關注度越來越高，與該領域相關的文獻量正在以指數(shù)級別增長。如伺采訃算的方法，有效的利

2、爪這類數(shù)據(jù)來輔助標靶蛋白的預測，是本論文討論的主要問題。數(shù)據(jù)挖掘是一種通過分析大暈數(shù)據(jù)，從中尋找其內(nèi)在規(guī)律的技術。其中叢于文本的信息抽取過程是指把文本里包含的信息進行結構化處理，將廿結構化或半結構化的信息轉化為結構化的信息。即從一段&然語言文本屮抽取指定的事件、事實信息，并以結構化的形式描述信息，供信息査詢、文本的深層挖掘和S動冋答等應用。知識發(fā)現(xiàn)則是一種能從數(shù)據(jù)集中識別有效地、新穎的、潛在有用的，以及最終可理解的模式的非平凡過程，其F

3、1的是提取有價值的信息并向使用者屏蔽原始數(shù)據(jù)的繁瑣細節(jié)。本論文有效的將數(shù)據(jù)挖掘技術結合到天然產(chǎn)物的標靶蛋a預測這一個實際的應用上。主要工作休現(xiàn)在以下兩個方面：信息抽?。↖nfmationExtraction:IE):概述了近年來基于生物醫(yī)學文獻信息抽取的研究進展并探討了相關的技術實現(xiàn)；從生物醫(yī)學文獻中抽取天然產(chǎn)物與靶標蛋白之間，天然產(chǎn)物與天然產(chǎn)物之間，靶標蛋白與靶標蛋白之間的共現(xiàn)數(shù)據(jù)，并提出一種高效的方法分析這些共現(xiàn)數(shù)據(jù)。知識發(fā)現(xiàn)(Kn