香菇栽培品種SNP指紋圖譜庫的構(gòu)建.pdf

1、香菇具有獨特的風(fēng)味和保健功效，是廣泛栽培的食藥用真菌，是亞洲地區(qū)最重要的食用菌之一。為保護育種者權(quán)益，亟待開展品種鑒定工作。但至今尚未有科學(xué)、可靠，為大家公認的品種鑒定方法。本研究以我國22個香菇栽培品種為材料，根據(jù)已知的參與香菇生長發(fā)育過程的功能基因信息，采用直接測序法對基因進行單核苷酸多態(tài)性分析，旨在通過菌株間SNP的比較，探討香菇栽培種質(zhì)的遺傳多樣性、評價SNP用于香菇菌株區(qū)分的可行性，以期構(gòu)建香菇栽培品種的SNP指紋圖譜。

2、>　　 通過原生質(zhì)體單核體序列比對，分析驗證了香菇雙核體菌株的功能基因lcc2和ras在直接測序結(jié)果中出現(xiàn)的雙峰是由兩細胞核在此位點堿基不同造成的；而重疊峰的產(chǎn)生則是因為兩個核之間存在堿基的差異/缺失，雙峰和重疊峰反映雙核體細胞中兩細胞核不同，為雜合狀態(tài)。
　　 通過預(yù)實驗從58個候選基因中共發(fā)現(xiàn)54個基因存在SNP多態(tài)性，最終篩選出cbhⅡ-1、cyp1、exg1、pyrG、rcb2和rnrB1可完成22個栽培品種的區(qū)分工作

3、。結(jié)果顯示，cbhⅡ-1、cyp1、exg1、pyrG、rcb2和rnrB1在供試群體中分別存在5個、8個、27個、14個、14個和4個SNP，22個栽培品種群體分別表現(xiàn)出9種、8種、11種、7種、8種和9種基因類型。在發(fā)現(xiàn)的72個SNP中59個為轉(zhuǎn)換，13個為顛換。本研究中外顯子區(qū)SNP發(fā)生頻率為0.96%，遠低于非編碼區(qū)SNP發(fā)生頻率2.78%，外顯子區(qū)域檢測到的33個SNP中有25個屬于同義突變，8個屬于錯義突變。本研究中發(fā)現(xiàn)的多

4、態(tài)性位點為以后開展香菇SNP標記與特異性狀的關(guān)聯(lián)分析奠定了基礎(chǔ)。
　　 SNP聚類結(jié)果顯示，香菇栽培品種之間SNP的個數(shù)在1～55個之間，表明我國主要栽培的香菇品種之間親緣關(guān)系的遠近差別較大，遺傳背景多樣。其中香九、廣香51、華香5號和L952為野生馴化或國外引進菌株，與所有供試品種均存在較大的差異；而申香8號、申香10號和申香12號系列雜交品種、L135和森源10號等品種之間因具有部分相同的親本背景，彼此間存在較微小的差別。綜

5、合6個目的基因的SNP類型，可以將22個供試菌株完全區(qū)分開，SNP聚類信息熱圖顯示每個菌株具有各自不同的SNP指紋類型，表明功能基因SNP分析可以用于香菇栽培品種的鑒別區(qū)分。
　　 用武香1號、華香8號和菌興8號3個認定品種做驗證實驗，結(jié)果顯示3個品種與大部分菌株存在差異，但分別與申香8號、Cr-04和Cr-62表現(xiàn)相同的基因型，表明僅靠本研究篩選的6個目的基因區(qū)分我國香菇栽培品種，還存在一定的局限性，某些品種尚無法區(qū)分。尋找一