上海地區(qū)諾如病毒分子流行病學(xué)調(diào)查及gii.4流行株進(jìn)化規(guī)律的初步研究

1、復(fù)旦大學(xué)碩士畢業(yè)論文上海地區(qū)諾如病毒分子流行病學(xué)調(diào)查及G I I ．4 流行株進(jìn)化規(guī)律的初步研究M o l e c u l a r e p i d e m i o l o g yo f n o r o v i r u sa s s o c i a t e dw i t h a c u t eg a s t r o e n t e r i t i si nS h a n g h a ia n d t h e p r e l i m i n

2、 a r yi n v e s t i g a t i o n o fe v o l u t i o n a r ym e c h a n i s m s o f t h eG I I ．4e p i d e m i cs t r a i n s院 系：專 業(yè)：姓 名：指導(dǎo)教師：導(dǎo)師組成員：公共衛(wèi)生臨床中心臨床檢驗(yàn)診斷學(xué)沈震張軍副研究員朱召芹副研究員張萬菊助理研究員完成日期： 2 0 1 4 年4 月1 0 日G I I ．4 流行株的

3、進(jìn)化規(guī)律。結(jié)果I ．上海地區(qū)成人諾如病毒的分子流行病學(xué)調(diào)查2 0 1 2 年1 月至2 0 1 3 年1 2 月，共采集8 4 6 份成人( ≥1 6 歲) 急性腹瀉患者糞便樣本，其中2 0 1 2 年度3 8 7 份，2 0 1 3 年度4 5 9 份，全部樣本均完成常規(guī)分子檢測。G I 群檢出2 2 例，檢出率為2 ．6 0 ％；G I I 群檢出1 1 7 例，檢出率1 3 ．8 3 ％。G I群呈現(xiàn)低位流行、全年散發(fā)的狀態(tài)，無明

4、顯的季節(jié)分布：G I I 群在2 0 1 2 年1 0 月．1 2 月出現(xiàn)高位流行，檢出率均在3 0 ％以上，1 1 月份的檢出率高達(dá)6 0 ％。同時發(fā)現(xiàn)，G I I 群諾如病毒相關(guān)的急性腹瀉好發(fā)于中老年人，特別是4 6 ．5 5 歲個體，檢出率達(dá)2 0 ．3 0 ％，相比于3 5 歲以下個體，4 6 歲以上人群G I I 群檢出率明顯升高，差異有統(tǒng)計學(xué)意義( p < 0 ．0 5 ) 。G I 群在成人中的流行無明顯年齡分布特征

5、。對諾如病毒陽性樣本進(jìn)行基因分型發(fā)現(xiàn)，近兩年來上海地區(qū)G I 群主要的流行株為G I ．3 和G I ．4 。G I I 群中絕大部分為G I I ．4 型，占9 3 ．4 0 ％，除既往D e nH a a g _ 2 0 0 6 b 及N e w O r l e a n s 一2 0 0 9 流行株外，首次檢測到新型變異株S y d n e y _ 2 0 1 2 。同時發(fā)現(xiàn)， 2 0 1 2 年1 0 ．1 2 月在上海地區(qū)高位流

6、行的G I I 群均是該新型G I I ．4 變異株，表明其已成為上海地區(qū)的優(yōu)勢株?；仡櫡治霭l(fā)現(xiàn)，S y d n e y _ 2 0 1 2 新型變異株在2 0 1 2 年9 月份已經(jīng)在上海地區(qū)出現(xiàn)。進(jìn)一步分析證實(shí)S y d n e y2 0 1 2 變異株為G I I ．e 型O R F l 與G I I ．4 型O R F 2 的重組體，重組位點(diǎn)處于基因組5 0 3 7 b p ．5 0 6 2 b p 。2 ．G I I ．4 流

7、行株體外分子進(jìn)化模擬的研究通過對1 8 8 條V P l 全長序列的比對分析，共檢出5 7 處變異頻繁的氨基酸位點(diǎn)，其中4 0 個突變位點(diǎn)集中在P 2 區(qū)，不同時期的流行株也出現(xiàn)重復(fù)使用相同氨基酸殘基的現(xiàn)象。對V P l 全長序列的系統(tǒng)進(jìn)化分析顯示，不同時期的流行株存在一定的進(jìn)化距離，在進(jìn)化樹中以單一的簇存在。對V P l 不同區(qū)域分別進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn)，僅P 2 區(qū)的進(jìn)化趨勢與V P l 全長基因高度一致，而S 區(qū)和P 1區(qū)的進(jìn)化分