基因序列比對(duì)算法的優(yōu)化研究.pdf

1、1990年，人類基因組計(jì)劃(HGP)正式啟動(dòng)，該計(jì)劃被譽(yù)為生命科學(xué)的“阿波羅登月計(jì)劃”，隨著該計(jì)劃的實(shí)施，生物學(xué)相關(guān)的數(shù)據(jù)呈爆炸式的增長(zhǎng)。如何對(duì)這些海量的生物數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，成了生物科學(xué)家亟待解決的問(wèn)題。生物信息學(xué)融合了分子生物學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、數(shù)學(xué)等學(xué)科知識(shí)，為日益增長(zhǎng)的生物數(shù)據(jù)的處理提供了新的方法。在生物信息學(xué)的研究中，最基礎(chǔ)的問(wèn)題是對(duì)生物序列進(jìn)行分析，序列比對(duì)是最基本的操作，它對(duì)于發(fā)現(xiàn)生物序列中的功能、結(jié)構(gòu)和進(jìn)化信息具有非常重要的意義

2、。如何開(kāi)發(fā)出高效、準(zhǔn)確的序列比對(duì)算法是目前序列比對(duì)的一個(gè)難點(diǎn)，本文基于以上背景對(duì)序列比對(duì)問(wèn)題進(jìn)行研究。
　　本文首先對(duì)序列比對(duì)問(wèn)題的研究現(xiàn)狀做了簡(jiǎn)要分析，對(duì)生物信息學(xué)的基礎(chǔ)知識(shí)做了簡(jiǎn)單概括。然后深入研究了序列比對(duì)問(wèn)題，對(duì)經(jīng)典的雙序列比對(duì)算法:Needleman-Wunsch算法、Smith-Waterman算法及點(diǎn)陣圖法進(jìn)行了系統(tǒng)論述;對(duì)多序列比對(duì)中的精確比對(duì)算法、漸進(jìn)比對(duì)算法、迭代算法進(jìn)行了討論，對(duì)基于這三個(gè)算法思想的幾個(gè)常用算