動(dòng)態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和蛋白質(zhì)復(fù)合物識(shí)別研究.pdf

1、蛋白質(zhì)組學(xué)是當(dāng)前生命科學(xué)的新前沿，通過研究蛋白質(zhì)的功能、結(jié)構(gòu)、相互作用來系統(tǒng)地分析蛋白質(zhì)，進(jìn)而分析生命活動(dòng)，成為熱點(diǎn)的研究問題之一。尤其是，從蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中識(shí)別蛋白質(zhì)復(fù)合物對(duì)揭示蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的組成結(jié)構(gòu)、預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)功能、解釋特定的生物進(jìn)程具有重要的研究意義。
　　 靜態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中的大量蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)是在不同條件和時(shí)間下積累而來的，從而不能精確反映細(xì)胞內(nèi)部真實(shí)的動(dòng)態(tài)變化，進(jìn)而影響蛋白質(zhì)復(fù)合物識(shí)別的準(zhǔn)確性。本文針對(duì)靜態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的缺

2、陷，提出了一種基于3-sigma法則來識(shí)別蛋白質(zhì)活性時(shí)刻點(diǎn)，并將蛋白質(zhì)活性時(shí)刻點(diǎn)與靜態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)相結(jié)合構(gòu)建了動(dòng)態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的方法。為評(píng)估該網(wǎng)絡(luò)的性能，用MCL算法在該網(wǎng)絡(luò)上預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)復(fù)合物，同時(shí)也比較了算法在其他兩種網(wǎng)絡(luò)上預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)復(fù)合物的結(jié)果。結(jié)果表明，我們構(gòu)造的動(dòng)態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)是一個(gè)能夠更精確地反映真實(shí)的動(dòng)態(tài)變化的網(wǎng)絡(luò)，從而能夠使算法更加準(zhǔn)確地識(shí)別具有特定生物意義的蛋白質(zhì)復(fù)合物。
　　 基于拓?fù)涮匦院凸δ芟嗨菩缘牡鞍踪|(zhì)識(shí)別算法

3、忽略了蛋白質(zhì)復(fù)合物形成的過程以及復(fù)合物的內(nèi)部特征，本文從蛋白質(zhì)復(fù)合物形成過程以及蛋白質(zhì)活性狀態(tài)出發(fā)，提出了一種基于just-in-time機(jī)制和蛋白質(zhì)活性的蛋白質(zhì)復(fù)合物提煉方法。用該方法對(duì)已知算法預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì)復(fù)合物進(jìn)行提煉，實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明提煉后蛋白質(zhì)復(fù)合物在識(shí)別已知復(fù)合物的能力上以及準(zhǔn)確性上都有較大的提高?；趈ust-in-time機(jī)制和蛋白質(zhì)活性的蛋白質(zhì)復(fù)合物提煉方法能夠更加準(zhǔn)確地描述蛋白質(zhì)復(fù)合物內(nèi)部的特征，這也進(jìn)一步驗(yàn)證了生物特性在