大豆作圖群體親本的單核苷酸多態(tài)性.pdf

1、本文選取五對大豆作圖群體親本為材料，以大豆功能基因?yàn)檠芯繉ο?，從DNA序列水平上進(jìn)一步研究大豆單核苷酸多態(tài)性的頻率、特征及其分布，為更有效地發(fā)展大豆功能基因的SNP標(biāo)記，構(gòu)建大豆SNP連鎖圖譜提供必需的研究基礎(chǔ)。主要結(jié)果如下： 1、從Genbank數(shù)據(jù)庫中查找并篩選出455條大豆功能基因的DNA序列。通過對這455條基因序列設(shè)計(jì)引物，PCR擴(kuò)增和測序分析，發(fā)現(xiàn)有300對引物(65.9％) 測序峰圖清晰，其中231對引物發(fā)現(xiàn)了 S

2、NPs 位點(diǎn)；其后，將之前PCR擴(kuò)增或測序結(jié)果不好的155對引物和未發(fā)現(xiàn)SNPs位點(diǎn)的69對引物，在相應(yīng)基因片段的其他區(qū)域重新設(shè)計(jì)引物，共104對，檢測后發(fā)現(xiàn)151對(67.4％)引物所擴(kuò)增出的片段測序峰圖清晰，其中120對引物發(fā)現(xiàn)了SNPs位點(diǎn)；之后，再對第二次實(shí)驗(yàn)PCR擴(kuò)增和測序結(jié)果不好及未發(fā)現(xiàn)SNP位點(diǎn)的基因第三次設(shè)計(jì)引物104對，發(fā)現(xiàn)63對(60.6％)引物所擴(kuò)增出的片段測序峰圖清晰，其中35對引物發(fā)現(xiàn)了SNPs位點(diǎn)。在三次實(shí)驗(yàn)

3、中，設(shè)計(jì)引物測序的成功率均明顯高于前人的研究結(jié)果，可能與本研究引物設(shè)計(jì)的方法有關(guān)。 2、在514個(gè)DNA片段共219 581 bp的序列中發(fā)現(xiàn)了1 419個(gè)SNPs位點(diǎn)，其中編碼區(qū)含有528個(gè)SNPs位點(diǎn)，非編碼區(qū)含有891個(gè)；兩者的核苷酸多態(tài)性(θ值)分別為 0.00143和 0.00235，表明非編碼區(qū)的單核苷酸多態(tài)性高于編碼區(qū)；這與前人的研究結(jié)果是一致的。同時(shí)本實(shí)驗(yàn)所測得的SNP頻率高于 Zhu等人的結(jié)果，可能與實(shí)驗(yàn)選材有

4、關(guān)。在這1 419個(gè)SNPs位點(diǎn)中，有650個(gè)轉(zhuǎn)換、519個(gè)顛換和250個(gè)插入缺失，轉(zhuǎn)換和顛換的比值為1.3:1。 3、我們發(fā)現(xiàn)，南農(nóng)86-4×PI342618B和南農(nóng)99-10×PI326582B這兩對野生栽培型組合的多態(tài)性相似且較高；親本組合綏農(nóng)14×綏農(nóng)20的多態(tài)性最低；而組合科豐一號×南農(nóng)1138-2和Essex×興縣灰不支具有相似的多態(tài)性，且介于以上二者之間。將10份親本材料按不同的方式組合查找SNP位點(diǎn)和多態(tài)基因位點(diǎn)