基于DNA條形碼的長(zhǎng)江上游江津段魚(yú)類早期資源種類鑒定.pdf

1、準(zhǔn)確鑒定魚(yú)卵的種類是開(kāi)展魚(yú)類早期資源研究和評(píng)估魚(yú)類資源年際補(bǔ)充量重要的前提。本研究采用DNA條形碼技術(shù)，選擇Cyt b基因作為標(biāo)記基因，使用合適的通用引物對(duì)其PCR擴(kuò)增，經(jīng)過(guò)測(cè)序和序列分析，對(duì)長(zhǎng)江上游江津江段所采集到的漂流性卵和人工魚(yú)巢上的粘性卵進(jìn)行種類鑒定，以期為魚(yú)類早期資源種類鑒定建立一種快速、準(zhǔn)確的分子鑒定方法。其主要研究結(jié)果如下：
　　1.基于DNA條形碼魚(yú)類早期資源種類鑒定技術(shù)的建立
　　DNA條形碼技術(shù)鑒定魚(yú)卵種

2、類的關(guān)鍵在于魚(yú)卵 DNA的提取、通用引物的篩選以及PCR擴(kuò)增。本研究比較了3種單枚魚(yú)卵DNA提取方式，3對(duì)通用引物的擴(kuò)增效果和測(cè)序結(jié)果的準(zhǔn)確度。最后選擇快速提取魚(yú)卵DNA法作為單枚魚(yú)卵DNA的提取方法，通用引物對(duì)1 H15149/L14735作為擴(kuò)增魚(yú)類Cyt b基因上長(zhǎng)度為464bp的DNA片段。再將未經(jīng)純化的PCR產(chǎn)物送至測(cè)序，將測(cè)序所得的序列處理后在NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中利用自帶的blast軟件進(jìn)行序列比對(duì)和物種鑒定。堿基相似度在98％

3、之上的即可認(rèn)為是同一種魚(yú)。
　　2.2014年長(zhǎng)江上游江津段人工魚(yú)巢上的粘性卵種類鑒定
　　2014年4月29日、5月11日選取了長(zhǎng)江上游江津段順江、朱楊和龍華3個(gè)樣品采集點(diǎn)的人工魚(yú)巢進(jìn)行粘性卵的采集，兩次共隨機(jī)采集到147個(gè)樣本，采用上述建立的分子鑒定技術(shù)對(duì)全部樣本進(jìn)行種類鑒定。結(jié)果顯示在三個(gè)采樣點(diǎn)所采魚(yú)卵的種類有鯽(Carassius auratus)和鯉(Cyprinuscarpio)2種，順江的20個(gè)樣本中，鯽16個(gè)

4、，占80.00%；鯉4個(gè)，占20.00%。在朱楊采集到86個(gè)樣本中，鯽有20個(gè)，占23.26%；鯉有66個(gè)，占76.74%。龍華的42個(gè)樣本中，鯽有31個(gè)，占73.81%；鯉有11個(gè)，占26.19%。
　　3.2015年長(zhǎng)江上游江津段人工魚(yú)巢上的粘性卵種類鑒定
　　2015年3月26日、4月15日和5月13日選取了長(zhǎng)江上游江津段順江、朱楊、二郎石和石蟆4個(gè)樣品采集點(diǎn)的人工魚(yú)巢進(jìn)行粘性卵的采集，共隨機(jī)采集到1989個(gè)樣本，采用

5、上述建立的分子鑒定技術(shù)對(duì)其中的468個(gè)樣本進(jìn)行種類鑒定，包括400枚魚(yú)卵和68尾幼魚(yú)。結(jié)果表明魚(yú)卵種類有2種，分別是鯉和鯽，幼魚(yú)種類共有11種，分別為鯉、鯽、李氏吻鰕虎魚(yú)（Rhinogobius leavelli），短須頜須鮈（Gnathopogon imberbis），高體鳑鲏（Rhodeus ocellatus），華鳈（Sarcocheilichthys sinensis），大鰭鱊（Acheilognathus macropteru

6、s），太湖新銀魚(yú)（Neosalanx taihuensis），麥穗魚(yú)（Pseudorasbora parva），食蚊魚(yú)（Gambusia affinis），嘉陵頜須鮈（Gnathopogon herzensteini）。
　　4.2015年長(zhǎng)江上游江津段漂流性卵種類鑒定
　　2015年5月20日至6月9日在長(zhǎng)江江津油溪段使用圓錐網(wǎng)共隨機(jī)采集107個(gè)漂流性魚(yú)卵，采用上述建立的分子鑒定技術(shù)對(duì)其進(jìn)行種類鑒定，鑒定結(jié)果表明樣本中共有

7、14種，其中鰱（Hypophthalmichthys molitrix）2個(gè)，占1.85%；中華金沙鰍（Jinshaia sinensis）2個(gè)，占1.85%；吻鮈（Rhinogobio typus）19個(gè)，占17.59%；子陵吻鰕虎魚(yú)（Rhinogobius giurinus）1個(gè)，占0.93%；宜昌鰍鮀（Gobiobotia filifer）36個(gè)，占33.33%；銅魚(yú)（Coreius heterokon）5個(gè)，占4.63%；寡鱗飄

8、魚(yú)（Pseudolaubuca engraulis）22個(gè)，占20.37%；光唇蛇鮈（Saurogobio gymnocheilus）7個(gè)，占6.48%；草魚(yú)（Ctenopharyngodon idellus）4個(gè)，占3.70%；銀鮈（Squalidus argentatus）5個(gè)，占4.63%；中華沙鰍（Botia superciliaris）1個(gè)，占0.93%；銀飄魚(yú)（Pseudolaubuca sinensis）1個(gè)，占0.93%

9、；異鰾鰍鮀（Xenophysogobio boulengeri）1個(gè)，占0.93%；犁頭鰍（Lepturichthys fimbriata）1個(gè)，占0.93%。
　　5.長(zhǎng)江上游江津段粘性卵產(chǎn)卵場(chǎng)水生生物和水質(zhì)環(huán)境調(diào)查
　　為了解粘性卵產(chǎn)卵場(chǎng)的生態(tài)環(huán)境，本研究調(diào)查了2015年3月至5月人工魚(yú)巢附近的水生生物和水質(zhì)環(huán)境。順江采樣點(diǎn)共鑒定出浮游藻類6門147種，浮游動(dòng)物3門19種，朱楊采樣點(diǎn)共鑒定出浮游藻類6門160種，浮游動(dòng)物

10、3門19種，二郎石采樣點(diǎn)共鑒定出浮游藻類6門116種，浮游動(dòng)物3門52種，石蟆采樣點(diǎn)共鑒定出浮游藻類6門96種，浮游動(dòng)物3門32種。根據(jù)浮游藻類的種類及數(shù)量，利用藻類多樣性指數(shù)法對(duì)水質(zhì)進(jìn)行評(píng)價(jià)，Shannon-Wiener生物多樣性指數(shù)、Margalef豐富度指數(shù)和Pielou均勻度指數(shù)的變化范圍分別是1.663~3.342，5.438~10.135和0.470~0.826，水質(zhì)評(píng)價(jià)結(jié)果為除了二郎石的水樣在5月時(shí)受到了中度污染外，其余時(shí)