重要海水養(yǎng)殖魚類星斑川鰈(Platichthys stellatus)微衛(wèi)星開(kāi)發(fā)及遺傳多樣性研究.pdf

1、星斑川鰈（Platichthys stellatus）是營(yíng)底棲生活習(xí)性的鰈科魚類，憑借其豐富的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值和較高的商業(yè)價(jià)值，已逐漸成為我國(guó)北方海水人工養(yǎng)殖的對(duì)象。本研究以星斑川鰈為主要研究對(duì)象，運(yùn)用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的方法對(duì)星斑川鰈微衛(wèi)星進(jìn)行開(kāi)發(fā)，進(jìn)而運(yùn)用微衛(wèi)星標(biāo)記、線粒體基因標(biāo)記等分子標(biāo)記的手段比較分析了星斑川鰈兩個(gè)養(yǎng)殖群體與相近鰈科魚類以及雜交子代間的遺傳多樣性。為魚類養(yǎng)殖以及野生魚類資源保護(hù)方面提供了理論基礎(chǔ)。本研究的主要結(jié)果如下:
　

2、　1.基于HiSeq2000轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的方法，以日照星斑川鰈的腦垂體和下丘腦組織為材料進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，使用軟件MISA對(duì)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序所得的Unigene序列進(jìn)行SSR預(yù)測(cè)建立星斑川鰈的SSR庫(kù)。在轉(zhuǎn)錄組測(cè)序得到的總長(zhǎng)為82619097bp的30640條unigenes中共發(fā)現(xiàn)20095個(gè)SSRs，分布在10924條unigene中。最多的SSR重復(fù)類型是二核苷酸型的SSR，占SSR總數(shù)的63.64％，其中(AC)n類型重復(fù)的SSR最多;其

3、次是三核苷酸、四核苷酸、六核苷酸重復(fù)，最少的是五核苷酸重復(fù)。共有100種重復(fù)單元。二核苷酸重復(fù)單元類型最少，僅有4種;六核苷酸重復(fù)單元類型最多，含有37種;三、四、五核苷酸重復(fù)單元類型分別有10、25、24種。
　　2.挑選有生長(zhǎng)或免疫功能的20個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記，設(shè)計(jì)合成熒光引物，并在日照星斑川鰈、江蘇星斑川鰈兩個(gè)地理群體及石鰈和黃蓋鰈及其雜交一代（日照星斑川鰈♀×石鰈♂）中PCR擴(kuò)增，PCR結(jié)果進(jìn)行毛細(xì)管電泳檢測(cè)。其中在日照星斑川鰈

4、中有19個(gè)位點(diǎn)可以擴(kuò)增出特異性條帶，江蘇星斑川鰈有18個(gè)，石鰈中有15個(gè)，黃蓋鰈中有12個(gè)，雜交一代中有18個(gè)。有效等位基因數(shù)分別為:日照星斑川鰈(2.07)、江蘇星斑川鰈(1.93)、黃蓋鰈(1.59)、石鰈(1.86)，雜交一代(1.81)。平均觀測(cè)雜合度分別是日照星斑川鰈(0.350)、江蘇星斑川鰈(0.278)、黃蓋鰈(0.247)、石鰈(0.274)，雜交一代(0.5255)。高度多態(tài)基因座(PIC＞0.5)所占擴(kuò)出條帶的比例

5、分別為日照星斑川鰈(26.31％)、江蘇星斑川鰈(22.22％)、黃蓋鰈(16.67％)、石鰈(26.67％)，雜交一代(22.22％)。Nei's氏基因指數(shù)分別是日照星斑川鰈(0.420)、江蘇星斑川鰈(0.387)、黃蓋鰈(0.226)、石鰈(0.302)。雜交一代(0.336)。結(jié)果說(shuō)明了四種鰈科魚類遺傳多樣性均較低，應(yīng)注意漁業(yè)資源的保護(hù)。
　　3.本文采用了PCR擴(kuò)增和直接測(cè)序的技術(shù)，對(duì)這五種鰈科魚類的線粒體基因Cytb和

6、COI進(jìn)行初步研究。實(shí)驗(yàn)結(jié)果均表現(xiàn)為(A+T)含量高于(C+G)含量。使用雙參數(shù)模型(Kimura2-parameter)計(jì)算其遺傳距離與運(yùn)用UPGMA和NJ方法建立的系統(tǒng)樹結(jié)果一致，均顯示鈍吻黃蓋鰈與其他三個(gè)群體遺傳距離最遠(yuǎn);星斑川鰈兩個(gè)群體幾乎沒(méi)有差異;星斑川鰈與石蝶相對(duì)較近。雜交子代與母代星斑川鰈近于與父本石鰈間的距離。
　　4.雜交子代出現(xiàn)了兩種性狀的子代，左眼和右眼子代，其數(shù)量比近乎1∶1。不管是運(yùn)用微衛(wèi)星標(biāo)記還是線粒體