條斑紫菜(Pyropia yezoensis)核糖體RNA基因(nrDNA)全長序列的克隆與分析.pdf

1、條斑紫菜(Pyropiayezoensis)是我國最重要的經(jīng)濟(jì)海藻之一,同時(shí)它被作為海洋模式生物進(jìn)行分子遺傳學(xué)和基因組學(xué)的研究。條斑紫菜具有異性世代交替的生活史,包括大型的葉狀配子體世代和微型的絲狀孢子體世代。
　　本文對條斑紫菜的葉狀體進(jìn)行研究,采用CTAB法提取單個(gè)個(gè)體的核基因組DNA,克隆測序核糖體RNA基因全長序列。核糖體RNA基因(rDNA)是由一些高度重復(fù)序列組成、并具有轉(zhuǎn)錄活性的多基因家族。在真核生物中, rRNA基

2、因中的每一個(gè)重復(fù)單元是由基因內(nèi)間隔區(qū)(internal spacer, IGS)、18S rDNA(small subunit, SSU)、轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)1(internal transcribed spacer1, ITS1)、5.8S rDNA、轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)2(ITS2)和28S rDNA(large subunit, LSU)順序串聯(lián)形成。用基因克隆和測序的方法,對條斑紫菜的核糖體RNA基因以及基因間隔區(qū)進(jìn)行序列研究。通過序列分析發(fā)現(xiàn),

3、條斑紫菜18SrDNA中有0-2個(gè)內(nèi)含子,而且不同個(gè)體內(nèi)含子的插入位置、個(gè)數(shù)和長度也不同。但是其外顯子的序列幾乎是相同的,且長度都為1834bp。18S rDNA全長序列GenBank登錄號分別為;KJ578745、KJ578746、KJ578747、KJ643310、KJ643311。28S rDNA中不含有內(nèi)含子,全長為4770bp,GenBank登錄號為KJ578748;5.8S長度為159bp。同時(shí)發(fā)現(xiàn),這些編碼區(qū)的5’端和3’

4、端的堿基序列非常保守,即使在紅藻不同種間也是相同的。間隔區(qū)ITS1為371-372bp,ITS2為532-535bp,ITS區(qū)域的GenBank登錄號為KJ608639;本文首次獲得IGS(GenBank No. KJ608640)全長序列,長度為5984bp。IGS上游序列含有重復(fù)單元,中間序列含有自互補(bǔ)結(jié)構(gòu),使測序具有很大的難度。經(jīng)分析,核糖體 RNA基因全長長度最短為13654bp,最長為15130bp。
　　本文提取了條斑

5、紫菜單個(gè)個(gè)體的RNA,反轉(zhuǎn)錄為cDNA后進(jìn)行SSU rRNA和LSU rRNA的特異性PCR擴(kuò)增,結(jié)果表明18S rDNA轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物中的2個(gè)內(nèi)含子不是同時(shí)被切除的,并且推測最終SSU rRNA中不含內(nèi)含子;28S rDNA轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物中不含內(nèi)含子,因此LSU rRNA中亦無內(nèi)含子。通過對江蘇如東、海門、山東紅島、青島四種不同地理群的條斑紫菜進(jìn)行18S rDNA、28S rDNA、ITS、部分IGS序列分析研究,發(fā)現(xiàn)如東、海門、青島野生的條斑紫